Die für die Sendelizenz von RTL II zuständige hessische Landesanstalt für privaten Rundfunk hat verschiedene Programme von RTL II beanstandet. So wurde 2000 die Ausstrahlung von pornografischen Filmen beanstandet. Ein 1999 in der Sendung
Peep! ausgestrahltes „Interview“ mit einer Gummipuppe, die den damaligen Kanzler Gerhard Schröder darstellte, wurde als ehrverletzend gerügt.
Ende des Jahres 2004 wurde dem Sender vorgeworfen, illegal Werbung während des Kinderprogramms ausgestrahlt zu haben. Die Art der Ausstrahlung von Anime im Programm von RTL II wurde von Seiten der Fans häufig kritisiert. Die Kritik bezieht sich auf die Sendezeit, die vorgenommenen Schnittbearbeitungen und der Dialogbücher. Erste Kritik kam auf bei
Dragonball. Die Serie wurde teils geschnitten und sinnentfremdet synchronisiert ausgestrahlt, so schießen in der deutschen Fassung die Gegner mit Gummigeschossen statt mit scharfer Munition und „schlüpfrige“ Witze werden nicht als solche übersetzt. Dabei wird RTL 2 vorgeworfen, nicht aus pädagogischen Gründen gehandelt zu haben, sondern um die Eltern der Zuschauer nicht zu verärgern und so die Quote nicht zu gefährden.Gab es von RTL2 Bemühungen nach den Wünschen der Fans zu handeln, in dem man z.b. bei
Dragon Ball die Manga-Vorlage zur Übersetzung benutzte anstatt der französischen Vorlage, ist man später nicht mehr auf diese Weise auf die Fans eingegangen. RTL2 hat verschiedene Serien nicht nach Maßnahmen des Jugendschutz bearbeitet, in einigen Fällen wurden trotz vorliegender Tagesfreigaben Sendungen für die Ausstrahlung bearbeitet. Außerdem war RTL2 der einzige Lizenznehmer in Europa der im 21. Jahrhundert umfangreiche Zensuren im Bild und Dialog beauftragte (
Naruto) und auch Folgen auszulassen (
Dragon Ball GT). Die Fanseite Animedigital.de beschreibt die Aktionen von RTL2 als reinen "Aktionismus".
Für die Mitte 2005 von RTL II ausgestrahlte Sendung
Nutella – Die Geburtstagsshow musste der Sender 45.000 Euro Bußgeld wegen verbotener Schleichwerbung zahlen. Auch bei der Sendung
Big Brother wurde Schleichwerbung festgestellt. Mit der Ausstrahlung der Sendung beschäftigten sich die Medienwächter schon im Vorfeld, kamen aber trotz erheblicher Bedenken zu der Auffassung, dass die Achtung der Menschenwürde in der Sendung gewahrt bliebe.
Der Sender wurde in den Medien spätestens seit 2009 verstärkt wegen der Qualität und Authentizität seiner selbstproduzierten Dokumentationsformate kritisiert. Nachdem 2010 die Mehrzahl der im Rahmen einer "Programmoffensive" gestarteten neuen Formate sowohl bei der Kritik als auch beim Publikum durchfielen, wurde im August 2010 die Unterhaltungschefin Julia Nicolas entlassen. Der Sender selbst stellte in einer Pressemitteilung einen direkten Zusammenhang zu einer „Maßnahme für mehr Programmqualität“" her.
[36] Der Sender erklärte, neue Formate würden künftig einen „standardisierten Evaluationsprozess durchlaufen“, außerdem solle zukünftig der Vermarkter des Senders
El Cartel „für die Umsetzung der neu gesteckten Ziele stärker eingebunden werden“.
[38]
Bei der Sendung Tatort Internet – Schützt endlich unsere Kinder wurde im Oktober 2010 rechtlich geprüft, ob Programmgrundsätze, Persönlichkeitsrechte und Jugendschutzbestimmungen eingehalten werden.
Die Sendung X-Diaries hat innerhalb von drei Monaten im Jahre 2011 47 mal gegen den Jugendschutz verstoßen.
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